二战爆发之前，基辅相配军区于1939年8月再一次组建了第5集团军，以军区所属的朔方集群为主整编而成，9月，在希特勒德国对波兰发动迫切之后，第5集团军参加了向西乌克兰进军的军事作为，收回了苏波接触中丢失的西乌克兰。之后一直到卫国接触爆发之前，第5集团军留神在了西南边境地区。

在卫国接触运转之前，第5集团军序列内编有：步兵第15军、第27军，机械化第9军、第22军，第2和第9筑垒地域以及集团军直属炮兵队列和工程兵队列等等，集团军司令部留神在卢茨克。

1941年6月22日，接触爆发，第5集团军被编入了西南边面军，在国境线上试图进军德军迫切，先后在科韦利、杜布诺、罗夫诺、日托米尔等地与德军作战，并依托科罗斯坚筑垒地域的既设阵脚实践防患作战，在这些战斗中，第5集团军伤一火惨重。7月7日，德军第11装甲师攻占了第5集团军与第6集团军接合部的别尔季切夫，第5集团军在接到西南边面军司令部的号召后发动发反突击，在所属的机械化军亏空了大部分坦克之后，反突击莫得成效。

9月，在基辅战役中，第5集团军和西南边面军的大部分队列一皆被包围，在惨烈的解围作战中，第5集团军着实杜绝后患，集团军司令员波塔波夫少将被俘。9月20日，第5集团军被放置。

第5集团军首任司令员波塔波夫少将

1941年10月，在德军台风战役进行之后，西方面军、布良斯克方面军和权术队方面军的主力被德军中央集群包围后，苏军运转在莫扎伊斯克一线构筑新的防地。10月11日，在莫扎伊斯克筑垒地域队列的基础之上，补充了来自滨海边域区的队列后，再行组建了第5集团军，归西方面军训诫。

重建后的第5集团军下辖步兵第132师和第133师，坦克第18旅、第19旅和第20旅，第36摩托化团，以及4个反坦克炮兵团和5个近卫迫击炮营，另外列宁军事政事学院构成的学员营也归第5集团军训诫，首任集团军司令员是德米特里·丹尼洛维奇·列柳申科。

第5集团军在重建完成后立即参加了莫斯科保卫战，在莫扎伊斯克进军德军第10装甲师和帝国师的迫切，之后策划在多罗霍沃、兹维尼哥罗德等地域实践防患战斗，集团军各队列在莫斯科城下的阻击战中推崇出大胆顽强和坚定勇敢，相配是在博罗季诺古战场，波罗苏欣上校训诫的步兵第32师鏖战5日夜，打退了德军屡次锐利冲击。最终第5集团军于11月底在兹维尼哥罗德-库宾卡-阿库洛沃一线挡住了德国队列的迫切，使德军莫得能再往前进。

12月初，苏联赤军在莫斯科城下发动了反击，第5集团军协同方面军所属的第16集团军和第33集团军对伊斯特拉和兹维尼哥罗德标的的德军实践了反突击，在反攻中还原了多个住户地，并于1942年1月初还原莫扎伊斯克后进抵格扎尼克地域转入防患。

在之后的一年多时刻内，第5集团军一直在格扎茨克以东地区作战，先后参加了第一次勒热夫—维亚济马战役、第一次勒热夫—瑟乔夫卡战役和第二次勒热夫—瑟乔夫卡战役，在勒热夫凸起部与德军拉锯作战。直到1943年3月，在第二次勒热夫—维亚济马战役中，第5集团军终于冲破了德军坚固的防地，于3月6日安靖了格扎茨克，尔后集团军继续向西迫切，于3月12日安靖了维亚济马。

1943年8、9月间，第5集团军参加了斯摩棱斯克安靖战役，在此次战役中，该集团军推崇出色，于9月25日安靖了斯摩棱斯克。之后过程一刹休整之后又参加了奥尔沙战役，于11月14日起在奥尔沙标的干与战斗，过程激战后于12月底率先进至罗萨先卡河一线地区。

1944年1月初，第5 集团军在维捷布斯克东南接替了33集团军的防务，尔后向博古舍夫斯克标的抨击。6月，在白俄罗斯战役中，第5集团军在白俄罗斯第3方面军编成之内，先后参加了维捷布斯克-奥尔沙战役、明斯克战役、维尔纽斯战役、考纳斯战役等等，在战斗中连战连捷，于8月初领先攻入了东普鲁士境内。

1945年1月，第5集团军参加了东普鲁士战役，在此战役中，该集团军与方面军其他队列一皆离散了德军蒂尔西特-因斯特堡集团，并率先安靖了因斯特堡（今切尔尼亚霍夫斯克）。随后第5集团军参加了歼灭德军海尔斯贝格集团的战斗，以及参加最终驱除泽姆兰半岛德军的军事作为。

训诫参加对日作战时的第5集团军司令员克雷洛夫元戎

1945年4月20日，第5集团军被编入最高统辖部大本营权术队，随后被隐秘输送至远东滨海边域区。8月5日，该集团军被编入了远东第1方面军，在对日开战后 ，第5集团军参加 了哈尔滨-吉林战役，在冲破日军沃伦筑垒地带后进至太平岭东部支脉，在克服了峀费事条目后连数城，接着强渡穆棱河和牡丹江，对透澈离散关东军的分袂立下了功勋。

在通盘这个词卫国接触本领，第5集团军官兵推崇大胆顽强并证实了豪杰目的精神，为此有耕作两万名指战员获取过多样勋章和奖章，其中有117位“苏联豪杰”称呼获取者和50位全部三级光荣勋章获取者，莫斯科曾15次鸣响礼炮为该集团军请安。

卫国接触前后的历任第5集团军司令员是：

1.米哈伊尔·伊万诺维奇·波塔波夫少将，1941年1月—1941年9月。

2.德米特里·丹尼洛维奇·列柳申科少将，1941年10月—1941年10月。

3.列昂尼德·亚历山德罗维奇·戈沃罗夫炮兵少将（1941年11月9日之后为炮兵中将），1941年10月—1942年4月。

4.伊万·伊万诺维奇·费久宁斯基少将（1942年6月13日之后为中将），1942年4月—1942年10月。

5.雅科夫·季莫费耶维奇·切列维钦科上将，1942年10月—1943年2月。

6.维塔利·谢尔盖耶维奇·波列诺夫中将，1943年2月—1943年10月。

7.尼古拉·伊万诺维奇·克雷洛夫中将（1944年7月15日之后为上将），1943年10月—1944年10月。

8.彼得·格里戈里耶维奇·沙夫拉诺夫中将，1944年10月—1944年12月。

9.尼古拉·伊万诺维奇·克雷洛夫上将，1944年12月—1945年12月。